mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCTCAAAATA TTCTGGGACGGAGGGAGTATT CAGTTTCAGAAATTGTTTGCCTGATGATGTTTGCTGGCTACTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTACTAAATTTAGTATAAAGTTGTATTAAACTTGTGACACTTATTCTGGGACGGAGGGAGTATTATTTATCCTGCATGAGTGCTCCCTAAGTTGTTGAATTT GATGAGGAAGGCGCTCTCGCTCTCTACCTCCTCCTGCTCCTCGCCTTTGCTTCCCATGGCGTATGGTGTGCAGCAGCTGCAAGGAGCGCCGTGGCCGAGGAGGATGCAGCACATCATGATCTGAGGCCTCATCACCACGGAACACAAGGCAAGAGTCTCCTGGAGATGCAGAGTCCCAGGAAGGTTGGGCGGGCGACAGGTGGTGCCGGAGCAAGCGGCGGCGGCGGCAGGAACACTGGTGCCGGAGCGACAGACACGAGGCCACACAACGGCAAGAACGTTGCCACGGCGCTGCCAGCTCCAGCGACTTCCGTCCTGGTGCTGGTTTTCACCACCACCACCATTCTTCTCTCGACGCTCAGCTTCTGAAGTTCTAGCACCAATATTTGTCCAGTGTTTCAGTTTCAGAAATTGTTTGCCTGATGATGTTTGCTGGCTACTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTACTAAATTTAGTATAAAGTTGTATTAAACTTGTGACACTTATTCTGGGACGGAGGGAGTATTATTTATCCTGCATGAGTGCTCCCTAAGTTGTTGAATTTCTTGTATGCTGGGTTCGTACTAGTCATAGAGACATTAATAATCAGGTAACGAANAANAAA 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 4e-30 tae-MIR1137 0.0000001 -61.9 .((((.((((.((((((.....)))))).))))..))))..((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))............)))))))))).))))))))))))))))..(((((....(((....)))....))))).......... (-61.9)