mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTATATTATGGGACGGAGGG CTCTGTCCCACAGTATAAGAT ATATATTACTCCCTCTGTCCCACAGTATAAGATCGTTTCTCAAGCTAACATAGCTTGGAAAATGATCTTATATTATGGGACGGAGGGGGTATATCT CCTACCGCGACCTGTTGNTNGCAGAAGATCTTGCTGCTGCTGAAACACCAAGTGCAGCTTACCATGCAGCTGCAGCTGCCACTAATATGCAAGCTGGAGGAACACCTGGCAGATTTGCTTACAATGATGAACAAACAGGGCAAACGACTACAGAAACAACTGCTGATGGAGCTGTGGTTCTTGGAACCCCAGTTGCACCTCCTGTTAATGGGGATGTGTATACTGATATCAGCCCTGAGAATGCGGTGATCCAGGGACAGAGGAGATCAAGCAAAGGTGTTGATGAGTTGGTTGAAGCATCTGCTGCAGAGGCTGAGGCAATCAGTGCTACTTTGGCTGCTGTAAAGGCCAGGCAAGTTAATGGTGAGATGGAGCATTCACCTGACTCTCCAGACACCACACAAAGCGGGAAGCTAAATTCAAGCCTTATCAAACCAGATGTTGCTCTTGCAAACAATTCAACACCGCCTCCTGGGGTTCGGTTACACCATAGAGCGGTGAGTAAAAAATACAATTAATCTGAGCTTTGTATCCTTATTAATTCCATGTCCTTCTGTTCATTTATTTTCTTGGTGGATTATCCTTCAACTGACAGCAATATATTACTCCCTCTGTCCCACAGTATAAGATCGTTTCTCAAGCTAACATAGCTTGGAAAATGATCTTATATTATGGGACGGAGGGGGTATATCTTAGAGGTTGTCCTCTGAACAGTTTAGCTCAAGTTGCTCGGTGGCATGCTTGACAACATTTTTCTTTTTGTAGGTTGTGGTAGCAGCAGAAACAGGAGGTGCCTTAGGTGGCATGGTTAGGCAGCTGTCAATTGATCAGGTTGAAAATGAAGGAAGAGGGTTATCTATGGCACTCCTGAGAATGCAACTGCAGCTAGAAATTACTGGATCGGCAAATGTCTATTAATTATGTGCCCAAAAGGTATCTACTCTGCAGAAACCAAGTTTCTGTGAAAACAGACATCTAAAAGTCTTTATGGTAATTTGAAGAACCGTATATAAAAGTTTTTAGTACCCCTCATTTTGGGTTAAATGGGTTTTTAATTAACTACTTAAGGGGGATTTAAATTGCCTAAAATTCACTCTGGGCTTTAACCAGGAATGCCTTCCTTTAAACCCGG 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 4e-16 tae-MIR1120 0.0000003 -55.2 ......((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))))))))).))))))))))))))))..... (-55.2)