mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATGGGACAGAGGGAGTATN TACTCCCTCCGCCCCATAATT TTTACTGCTCTTATTACTCAGCTACTCCCTCCGCCCCATAATTTAAGGCGTTTTTACATTATGGGACAGAGGGAGTATNNTGGTAGTGTAGTATTACG CGGGAAAGTGGTNCAAAGCAATGANAATTGGATGTGGCTTCGTGTTCTTTCTGCAGGTCACTGGTCAACCAAGTGTGCTATATTATGCTGCGACAATTTTTCAGAGTGCTGGATTCTCTGGAGCATCTGATGCCACTCGTGTATCAATTCTTCTTGGCTTGCTGAAGCTGATTATGACTGGAGTTGCCGTTCTTGTGGTTGACAAACTTGGCAGAAGACCATTACTAATTGGTGGTGTTAGTGGAATTGCTGTCTCCCTATTCTTGTTGTCTTCATACTATACCTTGTTTACGGGTGCTCCTTATGTGGCTGTAATAGCACTACTACTGTATGTTGGCTGCTACCAGTTATCATTTGGTCCGATTGGCTGGCTTATGATTTCGGAGGTTTTCCCGCTGAAACTGCGTGGCCGTGGATTGAGTGTTGCTGTTCTTGTGAACTTCGCCTCCAACGCGCTTGTCACTTTTGCTTTCTCCCCACTAGAGGACTTGATTGGCACTGGGGTTCTCTTTGCTTCGTTCGGGGTGATTGCGGTGGCGTCTCTCGCATTCATATTCTGCATTGTGCCCGAAACAAAAGGGCTCACCCTGGAAGAAATCGAAGCCAAACTGTAGATCCAACTATCTATGTCTCATCTTAGTTAGAATCTTCTTTACTGCTCTTATTACTCAGCTACTCCCTCCGCCCCATAATTTAAGGCGTTTTTACATTATGGGACAGAGGGAGTATNNTGGTAGTGTAGTATTACGTTGAGAAAACTACTTATTTTCCTCTGAATAAGATATATCNTAATAGAAGGTGTCCAAAAAAAAAAAACCNNNNNNNANAANNNAAAAAAANAAAAAAATGGAAAANAAAAAAAAANAANANNANNANNNNNNNNNNNNNNNAAAGGGGGGGCCCCTTAATTATTTCCCTAGGGGGCCCAATTTCCGCCTCCCCGTTTTTTTTAAAGGGGGCCCCCTATTGGGGGTTATTAAAGGGAGGGGGGCCCCGGTTTAAAAACTTTGGGAGGGAAAATTTTTTTTGGTTTCTTTAAAAAACCTTCTTTGGGGTGTGGATTTTGGCCACACCCCCCCAGATTTACCCCGGGGGAAAAAAATTTAGAGTGTTGTGGTGACCACCCCCTTTTGCGGCGTAAAA 5 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.00002 osa-MIR1436 0.0003 -32.2 ..((.((((..((((((.((..(((((((((...((((((((.((((.....)))).))))))))...)))))))))...)))))))).)))).)).. (-32.2)