mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTCTGTAAAGAAATATAA ATATTTCTTTGCAAAGGGAGT AAAATAGATACTCCCTCTGTAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTACACTTTAGTGATCTAAACACTCTTATATTTCTTTGCAAAGGGAGTACGTATTA CCACGCGTCCGCGGACGCGTGGGCGGACGCGTTGGGAAGAAAAAAAAACAGGTGAGTTTTTGTCTAGAGAACAAAATAGATACTCCCTCTGTAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTACACTTTAGTGATCTAAACACTCTTATATTTCTTTGCAAAGGGAGTACGTATTATTGAATGGGTGGTAGTTTCTTACTGTGTTGAGCATCCAGACTCAGAGTGAACATGTGTTGTTCCCGAGTGAAATCTTAAATTTTGCGCACTTATAATCATGAAATTGAAAGGCCATTCGGATTGTTTTT 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-22 tae-MIR1121 3e-26 -52.2 ..((((..((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((.....))))))))))))).)))))))))))))))))).))))))))..)))). (-52.2)