mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCTGCTCCCTCCGTCCCATA TGGAACGGATGGAGTACTTA TACATTAGCTGATTGATTGTAACCTGCTCCCTCCGTCCCATAATATATATGTTATCACAACCGGTTGTAACATGGAACGGATGGAGTACTTATTATCCGAGTAATACAAA CATGATTTTTGTGAGGGTGTGAGAGCGCGACTGGTTGACAAGGACTTGGCCCCAAAGTGGGATCCTCCTGCGCTCGAGTTCGTTTCTGAGGACATGGTAGATTCTTACTTTGCCCCACTAGGAGAATTCGAGCCTGAGCTGAAGCTGCCTACAGAACAGCGAGAGGCATTCATATAGATTGCCCGAGCCCATTGTTGTTGTCAGCACATAAAACAACTAGGCTGGGCAAAGGGCAACCTATTCATGTACAATACGCCGAATCCTTGGCATGGTAGAGAATTCGAGCACCAAGAGGAACTCGCCCTTTTGTTTCCTTTTCGTCCAATGTTATAAATGTGCATCATTTTACCATGCGGCACGTGATGAGTACCAGTGAGGACCGATCTAAGTTATCCCAGCTATTGACAGAGAGTAAGTGGCTGATATTAGGAATCTGGGAGGTTTTGCTCAAGAAAGCTAGCCCTAATCACAGTATGGTTGATACATGTGTTAACGAATTTGTGTGTGTCCGGACCAAGTTGGTTGCACTGGTAATGGGACTTTGTTTCACAGCTTACATTAGCTGATTGATTGTAACCTGCTCCCTCCGTCCCATAATATATATGTTATCACAACCGGTTGTAACATGGAACGGATGGAGTACTTATTATCCGAGTAATACAAATCTTATTCTCCTCAAAGGGAAAAAAAAAA 5 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.00009 tae-MIR1120 0.00008 -26.1 .......(((....(((.((((..((((((.(((((.(((.........((((((.((.....)).))))))))).))))).)))))).)))).)))..)))........ (-26.1)