mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTATT TACTCCCTCCGTCCCATAATA ACCCTTACACAACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTAGTGTAGTGTTAAAAACGTTCTTATATTTTGGGACAGAGGGAGTATTTAATAACACT CCACGCCTAGGTTTGCGGAAACTATTACGGTGTCCCATGCAGTGATACGATTAAAGTTGCTGACCAGAGCACATAACATTTTAATGATCTGAATTAAAGGAACAATCAACACAAAACCAAATTCTAAGCTAAAATAAGAAAGGACAGCATATAAGACTAGTCATGTTGTGCATTCTATGGCATGAAGTTCAACACAAGTTGAATTATCCTGCTACATGATACTAGACTTACCCTTACACAACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTAGTGTAGTGTTAAAAACGTTCTTATATTTTGGGACAGAGGGAGTATTTAATAACACTTACTGCACAAATTTATATCACTAGCATAGATCAAAGCAGCACAGAAGGTCGGCAGTTCTACAAAAACATTAGTCAGGCTGTTGTTCATAGAGTAATTACCAAAGAAATACCCCGTTTGAGATCAAAATGCTTCATCAAGCGGTGGTGCATGTCATATGCATTATATTTCTACGATTGGGTGGCACGAAAAGCCTTTGCTGG 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-33 tae-MIR1120 4e-22 -55.6 ..........((.(((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))))).)))))).))))))))).))......... (-55.6)