mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCATAATAT ATTGTGGGACGGAAGGAGTAA CACTAAACACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGATTGTTTTGCAAACAATCATTTTGCAAGCTAATATAGTTTGCAAAACAATCTTATATTGTGGGACGGAAGGAGTAACTGTAAGC ACCACACTGGTACGTGTATATATACTGGCCTAGGGCCACCCCGAAATACAAGTTGCTACTTCCCTAACACCGTTTATCTGAATCCAGATTGACTCAGTTTACCATCATGTCAATTACCACCACTAAACACTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGATTGTTTTGCAAACAATCATTTTGCAAGCTAATATAGTTTGCAAAACAATCTTATATTGTGGGACGGAAGGAGTAACTGTAAGCTAGGCTGCTTGCTCCATCAGTCTTAGCGTGTTCCTTTCTTGTTTTGTTGCGTGATGTAGGTGACCACCCAACCTCCCAAATCCAGGGTCGGAGATGATATTGACTGCAGCAACCAAATTTGGAAGCACCAAAGGATCCAAGACTGTCATCAACAGAGGGGAGTAGCCCCGCTCATCGCCAACGACCAATTCTTCTTCAAATCCAGCCTGCCAGAAAACATCGCCACGCCACCTCCACAGATTAATGGACTCTCACCACTGGCTTCTCTTTCCCTGGATCACCTCGTGTGCAGGCTTGCTTGGTGCTTGTTGTTCACAGTCCGCAGTTGCTGTCTTTCAGCATCCATTGCCCGTAAAGCCTCACTAGCCTGGTGACGAGCACGTTCCAGTTCCTGTTGTGCCGCTAGCTGTAGAGAAGCAGTTTCCATAGCCTTCTGATTAATCTCATAA 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.0000001 tae-MIR1120 0.00000009 -56.1 ......(((.((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((......................)))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..))).... (-56.1)