mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TTCCTCCGTCCCAAAATAAGT GTTGCCTCATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTCGTATTAACTTGTGTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATATGTTAC CTCGAGGTTTGAGGCTTCCCAGGATTAGGTAAGAGAGTACAAAATCCCATAGAAGCCTGCCAGATATGAAAGCTCAAGGCAGGCGTGAGAAATACAAATAGCCAATTTGCACTCTGGATATAAGTTGCCTCATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTCGTATTAACTTGTGTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATATGTTACCAAGACACGTGACCGATTTTTTGTATAATATTATTACATCTCGGACCTATGACCGACCAGAAAGATGTAGCTGAGCTCAAAACATATTCTTATGCCAGGCTTGTGTTATACCAACCCCCCCCCGCTTCAGGCATTTTCTGTGAATAACCTGGAATTCAGGTAGTCAGTAAAATGGCATTGTCCATGAATAAAATCTTTTTTATTTATTT 0 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.000000000000001 far-MIR1122 0.000001 -54 ........(((((((((((((((((((((((((((((((((..((........)).)))))))))))))))))))))))))))))))))....... (-54)