mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTACT TACTCCCTCCGTCCCAAAATT TACAAAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAAATTTGTCTAAATACGGATGTATCTAGTTACATTTTAGTGTTAGATACATTCGTATGACAAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACAGAGGGAGTACTAGCTAGA CACCAGCTATTAGCATGATTACGCCAAGCTATTTATGTGACACTATAGAATACTCAAGCTATGCATCCAACGCGTTGGGAGCTCTCCCATATGGTCGACCTGCAGGCGGCCGCACTAGTGATTAGCGTGGTCGCGGCCGAGGTGTTTTTAAACTAATTGAATAAATGTATGATCAGCAGCACACAGGCATGATGAGCAGAAATACCACGTAGCATACATATCCTTCCTAGACGTGCCACTAGTGCGTATACATCATCATATACTACTACAAAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAAATTTGTCTAAATACGGATGTATCTAGTTACATTTTAGTGTTAGATACATTCGTATGACAAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACAGAGGGAGTACTAGCTAGAGCTGCGTGTGGGGCAGAGGAGCGTCGTCAGCCCCACTTCTAGAACTAGAAGCACGGGACGTCGTGCAGCGGGTGCCCCTTGAGGTTCCTCTCCATCACCCTCCTGGCCAGGGACACCTGCTTGCCCACCGCGAACACAAAAGCCTTGCCGTCGCCCGACGCGCCACGGGGCGTCCTGCCGACCCTGCGCACGTACTCGCTCGGGTCGCGGGGGTAGTCGAAGAGCACCACGTGGTTCACGTGTGTGAAGTCGATCCCTCGCGAAGCTCTGTCTGTGCACACGAGGGACATTGAGTCCGTAGTCTGGTTCTTCCAGGACTCTTTCAGGTTTGCGATGCGTTTCGCCTGGTCCAGTGCAGCATGGGACGGGTAGAACCTGTATCTGTGAAGCCTCCTTGTCCAACCCGGGTCAAAACGTTTTCAACCTTTCTACTTGTTTAATCCTTATGGGAAAAAAACGATTGGTTTTCGAAACCGGAAAATTCCCCATAAACTTTAGAAATGTGGGGTGTCTTGT 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-38 tae-MIR1122 9e-30 -73.4 .......((.(((((((((.((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((((((((...((((....)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))).))...... (-73.4)