mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCATATCTAGAC CTAAATACGGATGTATCAAGT AAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGATTTTTCTAAATACGGATGTATCAAGTCACGTTTTAGTATTAGATACATCCATATCTAGACAAATCTAAGACAAGAATTTTGGGATGAGGGAGTAGTTGGC CAAGTACTGGAACTGAGAGACGAAATAGGACATAACGAGAAATCCACATTTGGTTTTGCAGGATCCAAACAACATTCTACACAACATACATAATCCTCCATCGTTTCGTTGTTAACTTCTTGCACCTAGCATTTGCAAACACAGTATCATCTCTGTCTTATCGGCAAGTGCACCGACCCGAGTGCATTCATCTAACCTGCATGCTCGGTATTAAGATGCCGCTTTCGCCACGACAGTAACTGAAGCAGAAGGCTTCTCTGGAGGCATGAACAGAAATACAGTGTGACATGATCCTTCCTATATTTAACTCTGGCAACCTAGATTCAAATCATGGCCATGATTGCCCAGGCCTTCAGAAGAAGATGGTGGATACCCCCATTGCGAAGCACCCAAATGCTACCCAAGGGCTCAACCGCTCACCTATTCTGGCTGCTTTCCAAAAGAAACCACGGAACCTGTCAAAGAAATTCATGTAAGAAAATGAAGAATAATGAAAAAGGTTTGCCTGAATTTGGGTCAGAACCCTGTGCTCTTGAAATCTAACAAATTGAGCTAATTGAATAAAATAATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGATTTTTCTAAATACGGATGTATCAAGTCACGTTTTAGTATTAGATACATCCATATCTAGACAAATCTAAGACAAGAATTTTGGGATGAGGGAGTAGTTGGCAGCAGAGAGATCATTGACAAATAGCATTGAGGACCCTTTTTGATCTTTTTTTTAGGATAGTTATCCTTAGGAATTTCACCCAT 4 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 9e-52 tae-MIR1122 2e-43 -68.7 ......(((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((.(((.(((((((((.(((.((......))))).))))))))).))).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))...... (-68.7)