mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGAC CTAAATACGTATGTATCAAGT CTAAATACTCCCTCCGTCCCAAAAATTTTGGCTTAGATTTGTCTAAATACGTATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACTAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATAAG ATTTTCTAATGTTTAATATATGCTTATTTGTAGCATACTATTGCAGACTTGGAGTGAAGTACTGCCATGATAAGTACTCCCTCTGTTCCTAAATACTCCCTCCGTCCCAAAAATTTTGGCTTAGATTTGTCTAAATACGTATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACTAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATAAGTCTTTTTAGAGATTCCACTACAAACTACATACGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTACTTCGTATGTAGTCCATAGTGGAATCTCTAAGAAGGCATATATTTAGGAACAGAGGGTGTACCAGCTGTACCTTTTCGGAAAAGCTTTTCTTAAGATGTAAAATACAAAAAAGCACATCGTGCTAATTTATTTGTATTTTCTTAGAGCAACCAATTTATTGGTATTTTGTGACTTTCTTTCCTGGATAGTAATCAGTTATACTATTTCATACCTGTTAGAAGGTATATATGAGACAGAGTAGAATCAAATATATATGGGATAGACACTAGAAAACTGCAAGGCGTCGTATGTTGTTTGTTCGAAAAATCCTTGGAATGCCTTGACTTTGGCCTCACACACGCCGAGATGTGAACCTGATGCCTGATTATTATCGTTCCTTCATTGTATGAGAGATGTTCCTGCACATGCTCTTTTCTCTAAGAAGGCATATTTCCTTGCTTGACGAAGGTGCATCTCTACNTGG 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-47 tae-MIR1122 2e-73 -66.9 ....((((((((((((((((((((.(((((.((((((((.(((((.(((((.(((((((.(((.((......))))).))))))).))))).))))).)))))))).))))).))))))))))))))))))))... (-66.9)