mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTCCCAAAATATAAGAA CTTATATTTTGGGACAGAGGG ACCAGTGTTCACAAATACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGAACGCTTTTTATACTAGCATAGTGTCAAAAACGTTCTTATATTTTGGGACAGAGGGAGTAGTTAATAGTAGTGT TGTGGTACTAATTGTTTTTTCTACATAGAACTCTTAAAAGGAAGGTCCAGGCAAGATAAAAAAATAATCATGTGAATTAACATTTCTGAGCATAACTCTAACATAGGCTGAAAATTATCTGTGGAAATCACTTTTTTCTTACATATTACCTCCGTCCCAAATTAGTTGTCTTAGATTTGTTAGATACGGATCTACCTATAACACTACAATGTGTCTAGATATCTGTATCTAGAAAAATTCTAAGACAACTAACTTGGGACGGAGGGAGTATTTATAGAGGTGGCTGCCTGTGGTAAATTTTCCATAAATGAACCAGTGTTCACAAATACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGAACGCTTTTTATACTAGCATAGTGTCAAAAACGTTCTTATATTTTGGGACAGAGGGAGTAGTTAATAGTAGTGTATTTTCTTGTTTGCCTTGCTGTTGGCTGCAGCAATACATGTGGTGAATTTATTCAGTACGTGAAGTTTGAATCAGGCTGATGTTGTACACAGCTCGTTCATTGGCGACAAAAAGGACTTGAATCAGGAATGGATATGATATAGGCTTAGCCTTGGACCATATATATACAGCATTTGGCTCCATTTCTGTACGGTCCTAAAATTTTTAACCTGTAAAATATCTGAATGACCGATAGAATAGTTTAACTGCAATATATACTGGGATCTTGTACAGAACTGATAACTGGTTTGCCTACTTATCTGAT 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-25 tae-MIR1120 0.0000000004 -50 .....((((.((...(((((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((...)))))).)))).))))))))))))))))))).))))))))))).))))....... (-50)