mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTGGGACGGAGGAA AATCGGTCACGTGTCTTGGTAACATATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACACAAGTTAATACGAAGTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGAAGTATGAGGCAACTTATATCCAGAGTGCA TTTTTTTTTTGGTATAACACAAGCCTGGCATAAGAATATGTTTTGAGCTCAGCTTCATCTTTCTGGTCGGTCATAGGTCCGAGATGTAATAATATTATACAAAAAATCGGTCACGTGTCTTGGTAACATATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACACAAGTTAATACGAAGTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGAAGTATGAGGCAACTTATATCCAGAGTGCAAATTGGCTATTTGTATTTCTCACGCCTGCCTTGAGCTTTCATATCTGGCAGGCTTCTATGGGATTTTGTACTCTCCTACCTAATCCTGGGGAGCCTCAAACCTCGAGGGGGTATCGATTCCCATCATACAGCATAGTCCTGATATCAAAATGATCAGCAGCACTAGTCCAACAAAAGTTCCTTCCAGAAGACTTGATTTTACTAGGCACTCCCCATCACATTTGCCTAGGCCAGATTTAGTAGTAGTGTTGGTCTTCTCTGCAAGATACCTGGCTAATGGTAGGTTGGAAAGGTTCTCCAGTAAACCATAGGGTTGGGAAGCATAAAGAACTGTATATCTGGCCTCAGACATTTTCAGCACAGAAACCAGCTCGGAAAGCAACTCCCCTTCTGATTTTGCATTATCTAAATCCTTGAAACCACCATTACAGAAAACAATTAGATCAGCCTTTCCCCTTGGATTGCTTCTCTCCCGTGACATCACTAAGTCGCGAATAGAATCCATGCTTTGATGTTTCTTCAGATCTTCACCACTTACAGTACACGTGTCTGTGTATGTGATGTGGTTTCCGTGAAAATCATTGTCACAATTCTCAGCNAAGTCCAGATAGCAATGGAGCTCTCCNATTTTGNNCATTATCTGGTCAAA 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.000000000000002 far-MIR1122 0.000002 -56.2 ..........((((..((....)).))))..(((((((((((((((((((((((((((....((....))...)))))))))))))))))))))))))))..(((((((....))))))).......... (-56.2)