mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGACACATCCGTATCTAGAC CTAAATACGGATGTATCAAGT ACCTGCTTTACATACTCCCTCCGTCCCCAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGACACATCCGTATCTAGACGAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATCATTTATTTT CGCNNNNANNNANNNNNNNNNGCNGNNCNGNNCNNNNNNNNNNNNNGANNNNTNATTTNCTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTNTTTTCTTNTACGTTGCAAAAGTATATACCATAAGATATTCAACCTGCTTTACATACTCCCTCCGTCCCCAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGACACATCCGTATCTAGACGAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATCATTTATTTTGGTTCAGGGACGAAAGTACAATCAATCAAATCACCCAGCTAACTGACTAACACTTGAACTCAGTAAATTATTAATCTCTCCAATTATATGCACTGGTCTGCTATCGAACATAGATGAAAGCGTTGCCTCACAGAGCTTCTTTAGTTCCCTTGTTTTTGCAATTGCTGCCTCTTGCTTCGGCCAGGATGATGATAGTGCATTTTGCAGCTCCATACGCTTAACTGATAAATCACCTAAGCCTTCTCGCAGTTTCACCTCATGATGTTTCTTTTCCTCTAAGGTTGACACCAATCTCTCCAAAAACCTTTTAGAGTTGAGGATCATTATAAGGTCAAGAGTTTTCTGGTTGGTGAGCAGAGAGATTGCTGAGGAAACTTCTACAAGCATATTCTCCAAACGTTCAGGAGCATACTGTTGGAGAACGAAAGGTGAGACTGCTTGCACCTGATGCTGTAGAGATGATGTATCAGCATTTCTCATCTCCGCTGAGCGCAGGATCAAAAATGATTTTACCTCAAGTAAATCATCCAGGATATTATTTCTGTACTCCTTCTCCAGTAACTGACTTCTTTCCTCAGTTAAACATTCATATTGCCCTGATTCAGTTGGGGCGTTCTCGACAGTAGC 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-50 tae-MIR1122 2e-52 -79.3 ...........((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.(((.((......))))).)).)))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).......... (-79.3)