mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATTATGGGACAGAGGGAGT TCCCTCCGTCCCATAATATAG GGCTAACAAATACTCCCTCCGTCCCATAATATAGGACGTTTTTTGACACTAGTGTAGTGTCAAAAAACATCTTACATTATGGGACAGAGGGAGTAGTAAACAAT AGGTTGAGAAAATATATCACACAATAGAGTTGTGAACCAATACAATCCATTTTACATCAACAGAACACATAAACTATTGAGTCTGTTGTTATTCAGGCTCTTGCGTCGACGCTCTTGATGGCAACTATCATGTTGTGGATGATTGTGATGGGCAGCACCAAGTAGCACTCTATCCAATATTACCTAGCATATTTACAAGAATATTAGATATTTGGAGATATGAATGGATAGTAGAAATAAGAGAATTGCAACAAAAATAAAAAATGAATTACATGATGTCCAGAATTCCTAAATCTTATAGTGCCCACAGATGGAGTATAAAACAAGAGTAAACACGTGGTTTCTTAAAATTAATACAAAGAAAAGTGTGTCAAATGAAATTCACATGACAAAGTGAAAAAATACACATCACAGAGCTCCAAGTACTATAGCAGCAGTAGTTGAGGCCATATAAACCCGCCAACGGAATGGCATATCACTAACAAACAATATCCCCCCATGATGTGTAGACTTGTTGACACGTAAATATTTGAAGTTTATGTCATCAGGGTCGACGAGCAGCAGCAATGTTTATGTTGCAACTACATCTCAATGGGCTAACAAATACTCCCTCCGTCCCATAATATAGGACGTTTTTTGACACTAGTGTAGTGTCAAAAAACATCTTACATTATGGGACAGAGGGAGTAGTAAACAATACTTGCCTGCCAAGTGAACTTCAAATGGCATGGAAAAATTCACCAAAGAATATGATACAGTTCCTTGAGAGATCTCCACACTTGGT 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-27 tae-MIR1120 0.00000000008 -52.7 ..........(((((((((.((((((((((.(((((.((((((((((((((...)))))))))))))).))))).)))))))))).)))))))))......... (-52.7)