mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTGGGACGGAGGGA CAGAGCTAATTTAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTTTGTACTAACTTTAGTACAAAGTTGAACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTTCATATTAACA TAATAATAATATAATGAGTAGATAGCAGAGCTAATTTAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTTTGTACTAACTTTAGTACAAAGTTGAACTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTTCATATTAACACTAAGTACCGAGTTTTTACAACCAAGGTCATCTGATAAACTAGTGTCACCCGCTAATATCATACAACAGAATGGGTGACAATTCTGTTCCAGTTATCTTGCACTCTCCTAGCAGTTGATGCCACACATTTGGATATCTGGCCCAGTGACTCTTGTTGTGAACGGGTCAATGCGAACCCACAGCAAGGAGAAAATGGATGCAAGAAGGATGGCCCAGACGACCGGCACGAGG 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 7e-40 tae-MIR1137 0.0000001 -57.2 ..............(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))...........)))))))))))))))))))))))))))))............. (-57.2)