mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGAAGGAGATGGAGGACGA GCCTCCCTTGCCGTCTCTG GGACCTTGGCTGTCACTCAGTTACGAATACTCGCCTCCCTTGCCGTCTCTGCTTTTTGAGAGAAATGGAGCAAGACGATGTGGACATGGCTGCCTCAGAGAACACCAACGAAGCGGAACTCGACGACATGAAGAAGCGGTTGAAGGAGATGGAGGACGAAGCAGCTGCTCTACGAGAGATGCAAGCCA CTGGACCTTGGCTGTCACTCAGTTACGAATACTCGCCTCCCTTGCCGTCTCTGCTTTTTGAGAGAAATGGAGCAAGACGATGTGGACATGGCTGCCTCAGAGAACACCAACGAAGCGGAACTCGACGACATGAAGAAGCGGTTGAAGGAGATGGAGGACGAAGCAGCTGCTCTACGAGAGATGCAAGCCAAGGTCGAGTCTCAGATGGGTTCCGCACAAGATCCTGCTAGTGCAGCTGCAACACAGGCAAATCGAGAGGAAGCAGATTCTCGATCAGTGTTTGTTGGCAATGTGGATTATTCGTGTACTCCTGAAGAGGTACAGCAGCATTTCCAGACATGTGGGACAGTCAACAGAGTCACTATTCGGACTGACAAGTTTGGCCAGCCAAAGGGTTATGCTTATGTGGAATTCCTTGAAGTAGAGGCTGTTCAAGAGGCTCTCCAGTTGAATGAATCTGAACTACATGGACGCCAATTGAAGGTAACTGCTAAAC 4 2 3' arm Fagus_sylvatica mirnest 100 100 -42.8 ......((((((.....)))))).......((((((((.((.((.((.(((((((((..(((..(((..(((......)))...)))..((((.((.............)).))))..))).........)))))))))..)).)).)).))))).))).(((....((((...)))).)))...... (-42.8)