mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGAGAGTATA TACTCCCTGTCCCAAAATA TTGACAATTTGATACTCCCTGTCCCAAAATAGACTGGAGTTTGCAAATGGCATGCATTTTAATGAAACAAAAGAACATAACAATTTTCCAAAGTGCCCAAAAAGGAAAGCACCCTATCTATTTTGGGACAGAGAGAGTATAATGTTATTT ATTTAATTACTTTATGCAAAGATTATTAGGTATATGAGATTTCTTCATATTGGGCACATATAAATTCATAGCTATGTTCAGGAAAATTAAGACTATGTTCAAAGTACGATAATTTGATTAAATGAGGAGACTCATTGACCAGTTAGGCATATATGGCATATCATATAACATGTGAGAATCATGCAATCTATGCACTAAGCAAGGAGATATTTTTAGATAATCAGGCTAAACCTGACTGAACCAAACTTAGCTAGTCCATCAGCACATTGTTTAGATCTTATGCTATACTATAAGATTATTCATAATCAATCTTTAAGAAGTGATGATCCTATTGATATAATAACAGAATTTGACAATTTGATACTCCCTGTCCCAAAATAGACTGGAGTTTGCAAATGGCATGCATTTTAATGAAACAAAAGAACATAACAATTTTCCAAAGTGCCCAAAAAGGAAAGCACCCTATCTATTTTGGGACAGAGAGAGTATAATGTTATTTAAACCATTGGTTTCTAGAAGTCCCTTTGTGGGGGGAATTAGTCTGTATAAGACAATTGTGATACAAACGTGTCTCCATTTTTGTATATATATTATTTGGTTGCATCATGTGCAGTCACTTTGAACAAATTATATGTAAGAAGTTGCATTTTATACGGT 2 2 3' arm Fagus_sylvatica mirnest MIR1122 0.0005 100 -37.5 .(((((.....((((((.(((((((((((((((..((.((((((.....))).(((((((...((((.................)))).)))))))((.....))..)))..))..)))))))))))))))...))))))..)))))... (-37.5)