mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCCTTGAACGCTTCACT ATGAAGTAAGAGTAATAGCTAGCGCATCAGGTGTCCCCTAGAGTTCCCTTGAACGCTTCACTGGGGATTCTCTTTAAACAAGAGGTATACCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCCGGTGTCATTTGATATTATAATACTTCCACAAAGTGCA CTGGACCTTGGCTGTCACTCAGTTAAGCAAGCATGAAGTAAGAGTAATAGCTAGCGCATCAGGTGTCCCCTAGAGTTCCCTTGAACGCTTCACTGGGGATTCTCTTTAAACAAGAGGTATACCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCCGGTGTCATTTGATATTATAATACTTCCACAAAGTGCATGAAGAGATTAGAGTCAGACAATAATTACAAAATCTAAAGGTACCCCTTCTTTTTAAACCGACATTTTTCCATATACTGATTGGTAGTTTAGGTATGAGTAGACTTGGCAAAATCTGACTCGGGTCCATTTTCTGACCCGAATTCAAAAGAAAAATATGGGTATGGGTAAGGTTTTTCGACCCAAGAACAAAGATGGTGTCAACCCGTACCTGACCTGCAAAATGATGGGTCGGTTGGGTCGACCCGTTTTCAAAGTTTTTATTTTTTTTTTGCTTTCAGAGTCTATATTATTATGTTAGGAATTAAAGTATTATGAGATTTTTTTTTAATGATTTGAAATTTGACTATTATAAAAGTTCACATAATACCAATTAAAAAACAATTCTTAAATTAAATTTGTATTTGAAATAGCCTAGACTTAACTAAAGTAACACAC 0 0 3' arm Fagus_sylvatica mirnest mir-395 0.00000000001 vvi-MIR395g 0.0000000000005 -53.9 ..........(((....))).((((.....))))......((((((((((((((((((((.((((...((((((.....))))))....)))).))))))))))))))))))))..((((((....))))))....(((((.....))))).. (-53.9)