mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA TTATGGGACAGAGGGAGTACA GTTATCACAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTACACTAGTGTAAAAAACGCTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTACAAACTAGTG ATTCGGNACGAGCTNNGCAGGAGTTTGAACCTTTGATTCAGAAGCCATATACTATTGTCTATCTCCACTCGGCAGCATCATTACAACCGTAAGTGTTTGATACAAAGAAATGTCTACTTGATCCCCTGAGGTTTGGAGCCGGGACAACCTGACCTATTCCAAAGGTTAATGGGCTGGTTATTTATCTGGTTTATAACCTCATGGAGTTATGTTATCACAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTACACTAGTGTAAAAAACGCTCTTATATTATGGGACAGAGGGAGTACAAACTAGTGGGGGTCAAGTAGACCATTTCTGCTGCTAAACATTCACCGTAGACTGATTAAAATTTGATATTCGTTCTTACTCTTAACCCATCCGTGCTGTGATGTAAGGAGTTTTCTTAATCCATTTCCAGGCAACCAGATTTAGGATTCATGAAACGGATACAACAAATATTANGTCGGAAACACCAGCGAAACCTTCATGGGATTTATATACTCCACCCAACCTTGGGGGTGAGAACAGCTATTCTGGGGATGCANCTTTTGATTGATGGAAAGGTATGGAAAAAAAGTTGTGTATGTTGACAGGCTTGGTGCAATTGNTTAAAAAATTTACCACNCCACA 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-31 tae-MIR1120 6e-21 -51.4 ...........(((((((((.((((((((((((((((.(((((((.((((((...)))))).))))))).)))))))))))))))).))))))))).......... (-51.4)