mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA TTATGGGACGGAGGGAGTATA GGGCTAGAAATTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGACGTTTTTGCAAGCTATGTTAGCTTGCAAAAAAGTCTAATATTATGGGACGGAGGGAGTATATAGTAACA GCAAGATGGATNGGTGCTTAATGGAGTCTGCCTTAAAGTCCCCCAGAAAAGATGAGCATGTTGTTGCTTGTTCACATAGAAGGTGGCAGGCTTTCAGACTAAGCCGCCGCAGTAACCGCATGCACTCAATAGATTGGACAATATTGTCATCTTCTCATAATGATCCAATGGCATCTGATGTTATTGCACCTTCTGCATGGACAATATTTGGCTGTACAAACGGTAAGCATACAAATTGTCTTTCCTTCTTTATTATATGATTAAAATAAGCTTAATAAGAGCCATCATGTTCATTCTCAAGGGCTAGAAATCGCCATGTTAACTTGGGAACCATGTTATAACAGGGATATTTCATATGATGGGCTAGAAATTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGACGTTTTTGCAAGCTATGTTAGCTTGCAAAAAAGTCTAATATTATGGGACGGAGGGAGTATATAGTAACAGCCTTTAGCTGTGGAATTTATAGAAGTATGCGATGGAACCATCCAGACACGTTTGAAACTAATTTGGCACTAAATTTGGTGTAATTTCCTCTTCCTTTTACATNCCATTATTGTGTACATGNAATGTTGTA 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-30 tae-MIR1130 0.00000002 -63.2 ..((((.....((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((...))))))))))))).)))).))))))))))))))))))))))..)))).... (-63.2)