mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTCACTTAATTTGGGACGGA CGTCCTAAAATAAGTCACTCG AGGACAGTTATATACTTCCTCCGTCCTAAAATAAGTCACTCGACTTTGTACTAACCTTAGTACAAAGTTAGTAAAAAGTTGAGTCACTTAATTTGGGACGGAGGGAGTAGTACCTAGCTA TTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTAAACAATTTTAGATACAACACAAAGATAAAGCCACCAGGACAGTTATATACTTCCTCCGTCCTAAAATAAGTCACTCGACTTTGTACTAACCTTAGTACAAAGTTAGTAAAAAGTTGAGTCACTTAATTTGGGACGGAGGGAGTAGTACCTAGCTATAACTTAATTAGATACAAATGCACTGAGACTGCCATAAGTGTCACATATTTAGATGTTTTAATCAGCTTGCCCTATTGGCTTTCCCACAGTGTCACATATTTAGATGTTTTAATCAGCTTGCCCTATTGGCTTTCCCACAGTAGTGCCACATAGGAAGTAGAACTGGCAACCGAAGCAGGCACTGGAATCGTCTGGAAGCATCACTATTCACCAGAACTGAAATGAATGACGGTTCTTTCGAGAGGGAGACTAGAACCTACTCTTATGCATTTTAGGTTTTCCTTTCAACCGTGTCATTTTGGTGCAAACCTGCAGCACTATCTGAAGTAGGACCACTAACATGATAAGAATAGGACTGGCATACTATGTACCTGAAAGTGCATCCTTCAGAGATTCAGCATACAGACGTCACGTTTTCAGTTAGAGGGTCAGGTTCCGCAAGGCGTGCATCCATG 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-17 tae-MIR1137 0.0000004 -56.7 .....(((((..((((((((((((((((((.(((((.((((((((((.(((((((.((.....)).))))))).)))))))))).))))).)))))))))))))))))).....))))). (-56.7)