mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGTATCTAGA TAAATACGGATATATCAAAT CCAAGCCTAGTACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATATATCAAATCACATTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAGATAAGAATTTTAGGACGGAGGGAGTATGTGATTTA TATCCAACGTTTAGGTCACTACTTTACTGCTATTTCATCTAAATAAGAATCATGACGAGAGTGCGGCAAATGGAACTAGAAAGACCAAGCCTAGTACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAAATACGGATATATCAAATCACATTTTAGTATTAGATACATCCGTATCTAGACAAATCTAAGATAAGAATTTTAGGACGGAGGGAGTATGTGATTTATTGAAATATGATGATCTGTCTATATACAGATGATCAATGCCAAACACACTGCAAATGATACGTCAAGAGATTTGCCGGAGTGGCATTTATGGTACGAAACTACAGACAGAGAATTGCGCGGGCGTGGACAATCCGTCAATGTTCACATCTTCCTCAGGTTATCAAGCCGTGCCTGCAAGTCATCGTCTATTCCACCGTCCATCCCGCCCGCAGCTTCAGCTTGAACAGGCGCCTTTCCCGCTGCAACCGGCATGGCGACTGCGGTAGCCGGGGCCTTGACAAGCTCAGAGTTGATGTCGATGCCGATTTCGTCAAGGACCTGGCTAACTAGCTCTTCTGTTTCTTCCTCCTCCTCATCACCCTCCAAGGCGTCGTCGATGGCATCACCCATAACCTCGCTGACCATTTCCATCTTCTCGTTTTGCATCTCAAAGTCCCGCATTATCTTCTGGAGTGCTGGTAGATTCATCTGCCTGTTCATCTGTGACATGGCTTTTGTGACGCCCTTCATGG 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-46 tae-MIR1122 7e-40 -79.2 .........(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((.(((.((......))))).)))).)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))........ (-79.2)