mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCTCGAAA CCGGACGGAGGGAGTAAGT AAAGTCGGTACGGTAGGTAGAGCCTAAAGTTATACTCCCTCCGTCCTCGAAAATACTTGTCATCAAAATGATTAAAAACAGATGTATCTAGAACAAAAATATGTCTAGATACGTCCCCTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTAAGTATATACACACCAGCAACATATATCAGTG ACAGTTTGGAAGTCGCTTTCTACAATATGTCATGTGAATATCAACCCATGGCGACATTACAAAGTCGGTACGGTAGGTAGAGCCTAAAGTTATACTCCCTCCGTCCTCGAAAATACTTGTCATCAAAATGATTAAAAACAGATGTATCTAGAACAAAAATATGTCTAGATACGTCCCCTTTTATCCATTTTGATGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTAAGTATATACACACCAGCAACATATATCAGTGAGAGAGCCTACGAACGAAGAACGATGAGGAAGAGGAACCGTTTAGTTTAGACCGGCCGGTAGCTCAGTGACCTCCAGACACCAGCCAAGACAAGCACAAGCAGAGGGGCCATCACCAGGAGCGCCAGCCAGAGGGATCTCCGCACGGCTGTTTCTGAAGATGAATCTCCAGGGCCAGGCACGCAGTCACTGTTGCGCACGAGTCCGTCCTGGTCGTGCCCGTTTCGACCGGAATCCTGCTTCAGAACAGCTCCACCAGGCAGCTTGGCATCTTCTTGTTCCAATATGTTGTTATCATTGAGATTGAATGATAGATGCTCAAGCTTGTCTGCAACTTGCACCGGAGAAACTACTAGTGCTTGAGCAGGAGCCATGTTATGCATCAGATCTCCAGCCATGGTTTGGAAAACGGCATCATCGACATGATCCTCCTCATGGTTGCTGGATGAACTCTCTGTGCTACAGCCTGCTGATTCGCCCTCACCTTCTTCGCTTTCCGAGTGACAAGCTATTACAGGC 3 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-50 tae-MIR1128 4e-36 -73.8 ...((.(((((..(((((...)))))..))..((((((((((((((....((((((((((((((((((((..(((((...((((((((((((...........))))))))))))...)))))..))))))))))))))))))))..)))))))))))))).((....))..))).)).............. (-73.8)