mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATTATGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCCCACAATGAAA GGTAATTCATTACTCCCTCCGTCCCACAATGAAAGACGTTTTTTGACACTAGTGTAGTGTCAAAAAACGTCTTACATTATGGGACGGAGGGAGTATCTTTTTAG TGCGACCCACGCGTCCGTCCTGTTTTTAATATAAATTTGCTACCATTTTACTCTTCCTAGATAGCACAATATTGGTAATTCATTACTCCCTCCGTCCCACAATGAAAGACGTTTTTTGACACTAGTGTAGTGTCAAAAAACGTCTTACATTATGGGACGGAGGGAGTATCTTTTTAGTTTAGTTATGTCTAAATAAATTGATTTGCCAATTAATAATTATAATTTTGTTGTTGTAAATACCTAATGATTATTGATCACATTCAGGGAGAAGGAAATGTGAAGATTTATTAGGTGGTATTTGTATAAACAAATTCTTTCTAGTCTAATAATCATAACATAACATACAAAGATTACTATCTTTGAAGCATCTCACTTTCCTATGATAACTAATTTTCAAATAAGACTCCCAAATAATTTTCTAAAATATATCATAGTGAGAATATATATTGACATGAATTAGAGAAAATATCGAGAGCCATTATTGCTATAACTACTATTTTGTTAGTAATATACCAAATGGAGCAAAACATTATTGATTCTATTTGCTCAGTTTTATGTGTCATGAGGTAACAAAAGATGCTATATTTGAAGGAAATGAAAGGGATGTTGTTGCTCAATTGTTATGATCTGCTTCTCATCTGAAGACTAGTTTATTACATATAAGCATGTTTTTGGAAGTTTGAGAGAGAGATCACAAGCAGATCCCGTGTAGAAGAGAACATCATTGATACAACTATAATAATTCTTCCACTTCCAAGAGCCATTGGACCACTGAGAAATATGTTTAGATATAATAGACAAGTCTTTTGATGAGAAGGTAGATCATAATAGCTGAGCCGAATGAATGTGATACAGTTGCTCAATTGTTATGATCTGCCTCTCATTGAAGACTAGTTTATTACATATAAGCATATTCTTGAATGGTTGAGAGAGAGATCACAGCAGATCTCGTGCAGAAGAGAGCATCATTGATACCACTATTATGATTCTTCACTTCAGGAACCATTGGGCCGCTAAAAATATGTTAAATATAATAACCAGTCTTTAAATGAAAGGCGATCTTATACCTAAGCATAATTTCCTTTCAATTTTTCCTTCCAACTACCTTTTTGGACCCCCACCCCCATACTTGGCAACCCACCCATCTTTTTG 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-26 tae-MIR1120 0.000000005 -61.1 ..........((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((...))))))))))))))))))).)))).))))))))))))))))......... (-61.1)