mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTACTCCCTCCGTCCGAAA TCAGACGGAGGGAAGTATTAAT CCTAGTCGTGCTAGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAACTTGTCTCAAGCTTGTTCCCTCAAATGAATGTATCTAGCACTAACTTGGTGCTAGATACATCCATTTGAGGGACAAGCTTTTTCAGACGGAGGGAAGTATTAATGAACGAGA TCGGCACGAGGCCATGGTCCTGATGCCGCGGAGAGCTCCGCGCCTCGCCGCTGCCGTCCTCCCCCTCCTCTTCCTCCTCCTCGCCCCCGCGGAGGCGGTGCCCTTCGTCGTCCTGCACGGGATCGGGGGCCAGTGCACCGACAGCAGCGTTGCCGAGTTCACCCGGCTCCTGGCCGACTGGTCCGCCGCCGACGGCCACTGCATAGAAATTGGAAACGGGGCACGGGACTCCTGGCTCATGCCTCTCAACGAACAGGCTGATATCATGTGCAACAAGGTAAAGGAGATGGAAGAGCTAAGCGGCGGCTATAACATTGTTGGTCTGTCTCAGGGGAACTTGATTGGCCGGGCAGTGGTCGAGTATTGCGATGATGGACCACCGGTCAAGAATTTCATCTCACTCGCTGGGCCTCATGCTGGTACTGCTTCCGCGCCACACCTGTGGTTCTGGTTTTTTCTGTGTTATTGTTGATGCCCTTATCAAATCGGAGATTTACTCGGACTACGTGCAGGTACTTATATCTTGGCTTAGTCACTTCCCAAACCCTAGTCGTGCTAGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAACTTGTCTCAAGCTTGTTCCCTCAAATGAATGTATCTAGCACTAACTTGGTGCTAGATACATCCATTTGAGGGACAAGCTTTTTCAGACGGAGGGAAGTATTAATGAACGAGAGACTTTAACTCAAGTCGTGGTGAATTACAGGCACATCTTGCGCCAAGTGGTTACATCAAGAT 1 1 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-38 tae-MIR1133 1e-32 -72.9 .....((((..((((((((((((((((.(((((...........(((((((.((((((((((.((((((((((((((.....)))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))))).)))))))....)))).. (-72.9)