mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGAAGTATA TACTCCCTCTGTCCCAAAATA CTAATATACATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGCACTAACTTTAGTACAAAATTGTAATAAAGTTAAGACACTTATTTTGGGACAGAGGAAGTATAAGCAAAT GCGACCCACGCTGCCGTCCNCACACAACCAGGACAAGCAAGCAGCAGAACCAGTGTCAGATTTCCCGAGGCACAAGTTGAGCGCAAGATGGAGCACCAGGGGCGCGGCGCAGGCGAGAAGAAGGGCGTCGTGGAGAGCATCACGGAGAAGCTCCCCGGTGGCCACGGTGATCACCAGCAGGCCACCGGTGGCACGTACGGTCAGCAGGGACACGCCGGAGTTACCGGCGAGAACATCAAGGAGAAGCTCCCCGGTGGCCACGGTGATCACCAGCAGACCACTGGAATGACCGGCTCGGAGACGCATGCCACCACGGCCACCACCGATGGCAACTACGGGAAGTCGGGACACACCGGCACTGACGGCACCGGTGAGAACAAGAGTATCATGGACAAGATCAAGGACAAGCTGCCTGGACAGCACTAAGCCCAACCGGTCTGCCCGCTACCTTTGCAGAATAATATAATAAGATGGCCAACTTCCACCGTGTATACATGAATCGAGTCTAGTTCAACTAGCTCACTTGGTCGTACATCTGGGTTTAAGCTTTCATGGACAACAGTGTGTCGAGGGTTTTTGTTTGTTTACAATTTGCATACTTTGATGTGGAAATTTCCTTTGGTTCAACCGGTGCATGGTATGCTATGGCATCTAATATACATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGCACTAACTTTAGTACAAAATTGTAATAAAGTTAAGACACTTATTTTGGGACAGAGGAAGTATAAGCAAATGTTAAGTTTGCAGTCTGTTCTAACCGACTCATATGATGCATCACCCACTTCTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGCCGCCCTAGAGTTTCCCTCGAGGGGCCCAACCTTACGCGTCCCAGGCTTTTTGTCCAAGGGGCCCCCATTGGTAGTCCTATTATAAGCTAAGGACTGGCCGTTGTTTACAAGGTTCGGGACGGGAAAACCGCTAACTTGGGATTTTGGTAAAGGAACCCTACTTTGGTGGGGGACATAGTGGGACAACTCCCTCAGGAATTTAAGGCTAAGGGAAATATAAAATTTTAAGGGGTAAAGGGTGTAAACTACCGCATTTTCTGCCGCCTGAAATTCTGCTTCCGGCGTTGTTTTGGAAATTTCTACACGGCGGCCG 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-25 tae-MIR1137 0.00000009 -49 .........(((((.(((((((((((((((((((((((...........((((((((.((((....)))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))........ (-49)