mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTTTCGGTCCAAAAA TGTTGTGGACGTTGAGCTCCTTTCGGTCCAAAAAGGGGTGTTGCTGTGGGTCGATTGAGCTGCTGGGTCATGGATCCCGTTAGCCTACTCCATGTTCATCATTCAGCTCGAGATCTGAAAGAAACTACTCCAATTTATACTAATAGTATGTGTGTAGATAGGAAAATGATGGAGTACTCGTTGTTGGGATAGGCTTATGGCTTGCATGCCCCAGGAGCTGCATCAACCCTACATGGACCCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTTGGT GGCACGAGGGTAGGCAGTCGGTGCCATGGGAGGGGGGAAGTAGGAGGGTTTTTTTTCTTCTTCTTTCTTCTCTCTCGTTTTCTCGCAGAATCATCTGTGTGCAGATTCCATGCTTTTCGTTAGGGTTAGCCTATTGTGCTGAGCTTGTTTTTTCTTCCATGGCTTCTTGTTCTTATTCGTTTGGTTATGTTGAGCTGTTCTTGTCGTTGCTGGAAAGTGTTGTGGACGTTGAGCTCCTTTCGGTCCAAAAAGGGGTGTTGCTGTGGGTCGATTGAGCTGCTGGGTCATGGATCCCGTTAGCCTACTCCATGTTCATCATTCAGCTCGAGATCTGAAAGAAACTACTCCAATTTATACTAATAGTATGTGTGTAGATAGGAAAATGATGGAGTACTCGTTGTTGGGATAGGCTTATGGCTTGCATGCCCCAGGAGCTGCATCAACCCTACATGGACCCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTTGGTCACCCTCGAGCAGCTTTACTGTTCTGGATTTCCATCGTTCTCCTCTTGAGTCTTCTTGACTTAGCGCTTTTTTTTTCTTTTTTTAAAAGAAAAAATAACTTTTTTTTTCAGGATTGTGCTCCATGCGTATGAGCATGGTGGTGATGATGTATGTTGCCAGATAGCAGTAGTATTAATATTGTTG 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR159 4e-151 osa-MIR159a 2e-152 -98.3 ......(((.((.(((((((((((((((((((.((((...(((.(((((((.(((..((((.(((((.((((.((((((.((((.(((((((((((..((.(((((........))))).)))))...(((.((((((((..((...))..)))))))).))).....))))))))...)))).))))))(((((...))))).)))).))))).))))..))).)))).)))))).)))).))))))))))))))))))).)).)))..... (-98.3)