mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACAGGCTTTCTTGAACTG GTTCAAGAAAGTCCTTGGAAA GATCCAGATCGCGGCCATGCTCTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTCAACACGCGCGCGCCGGCCAGCCATGGCTTTCCTTTGCCGCCCAACACGATCGCATATGCTCTTGCATGTCTCGATCTCTGCCTGCCTTGTTGATGGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAACCATGCCCGCCTCTCCCCG CCTCCCTCTTGCGATCGAGCGAGATCCAGATCGCGGCCATGCTCTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTCAACACGCGCGCGCCGGCCAGCCATGGCTTTCCTTTGCCGCCCAACACGATCGCATATGCTCTTGCATGTCTCGATCTCTGCCTGCCTTGTTGATGGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAACCATGCCCGCCTCTCCCCGCCTCCCTCCATAGTTTCTTCCCATCTATGCATGCTCCATGGAGGCCGGCCATCGCGCGCGTTCGTGCGCAATTCGATCCATCTGCACGCACGTACGGGTCATCCATTACAGGTAACTAATTGACTCTTTCCCCCTGATTGCAATCAATCTGGCGGCCGGCCATGATACGCATGCATCTACCGCGGCCGGCCGGTTGATTTTTCTTCTTGTCTTTGCTCCAATGATTGCGAGTTAATCATATGCGTTCCCAACGACACAATTACCTTTAGATCTAGGAGTATTTATCTTACCGCGTGCGTAGGTGTGAATGAACTAGTATACTTCTTATCGTATGCGGATCCGGATCCAGATCCATCATGGCTAGCTGAGGCCGATCTAGTCTTCAATCAGGTGAAATAATTTGCTACAATCAGTCGGTTGATCTACTTTCTGCCACTTATTTGCTCTTAAATACAGGACAGATCTTATCTTTTCTGAATTGTCCTTGTGTAGATCGATGTGCTTTTCGTGTCATGTAATTTT 0 2 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR396 0.0000000007 far-MIR396 0.000000000000003 -59.7 .....(((..((((.((((...((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((..(((((....))))).....(((.....)))...(((((.((((((....))))))..)))))..))).)))..))))))))))))))))))).)))))))...)))).)))).)))..... (-59.7)