mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTAGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCTACCGGAAGGGTTTGTGCAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCCATAGAAAACGAGGAGAGAGGCCTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCCGCTTCGATCCCTCGCTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTG GCACGAGGATAGTTTCCTTCTTTCTTTCTCCTCCTCGTTGCTTTTAGATGTAGATGTAGATGTAGATTCCGTTCCATCTCTTCTAGCCCCATAGATGTAGCCTATTGTCTACCAAGTTCTTGCCACCATGTCCTCCATGGTTGGTCGTGCTCTCTGTTCTTGGTTTCCGCTTGTGAACCACAGCACAGATCTTGTTTTTCTGTGTTTTCGTTTGGTTTTCTTTGATCTGTGTTTTGTGTTTTGGATTCGGTTTAGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCTACCGGAAGGGTTTGTGCAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCCATAGAAAACGAGGAGAGAGGCCTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCCGCTTCGATCCCTCGCTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGATCTACTGTCAAGTAGTTTTATCTGCCGTCGAGGCTAGCTAGCTGCTGTAAATCTTGAAAATGCTCCAAGGTCCAGATCTGAATGGGAGCTGTTTCTTCCTCTCGAGATCTCTTCCGGAGCTTCGTTTTTATTGGGTATTTGCTACTAAGATTCCAGTAGGCTAGGTATTTTCTTGGCTTATTTGAAGCCAAGATTTGAATACCCTTGGTATTTTGTTTTTCTCCCCAAGTTAACGAATA 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR159 9e-22 tae-MIR159a 1e-97 -76.8 ...(((.(((((((((((.(((.(((((...((((((...((..((((.(((.((.(((.((((.(((((....((((...(((.(((((...........))))).)))...))))....))))).)))).))).))..))).))))))..)))).))..))))).))).))))))))))).))).. (-76.8)