mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GTTTAGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCTACCGGAAGGGTTTGTGCAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCCATAGAAAACGAGGAGAGAGGCCTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCCGCTTCGATCCCTCGCTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGA GCACGAGGATAGTTTCCTTCTTTCTTTCTCCTCCTCGTTGCTTTTAGATGTAGATGTAGATGTAGATTCCGTTCCATCTCTTCTAGCCCCATAGATGTAGCCTATTGTCTACCAAGTTCTTGCCACCATGTCCTCCATGGTTGGTCGTGCTCTCTGTTCTTGGTTTCCGCTTGTGAACCACAGCACAGATCTTGTTTTTCTGTGTTTTCGTTTGGTTTTCTTTGATCTGTGTTTTGTGTTTTGGATTCGGTTTAGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCTACCGGAAGGGTTTGTGCAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCCATAGAAAACGAGGAGAGAGGCCTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCCGCTTCGATCCCTCGCTGACCGCTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGATCTACTGTCAAGTAGTTTTATCTGCCGTCGAGGCTAGCTAGCTGCTGTAAATCTTGAAAATGCTCCAAGGTCCAGATCTGAATGGGAGCTGTTTCTTCCTCTCGAGATCTCTTCCGGAGCTTCGTTTTTATTGGGTATTTGCTACTAAGATTCCAGTAGGCTAGGTATTTTCTTGGCTTATTTGAAGCCAAGATTTGAATACCCTTGGTATTTTGTTTTTCTCCCCAAGTTAACGAATA 5 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR159 2e-22 tae-MIR159a 1e-97 -77 .((.(((.(((((((((((.(((.(((((...((((((...((..((((.(((.((.(((.((((.(((((....((((...(((.(((((...........))))).)))...))))....))))).)))).))).))..))).))))))..)))).))..))))).))).))))))))))).))).)) (-77)