mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCCCTTCGTCCCATAAT TATGGGACGGTGGTAGTAGTT AGCTGTAAAACCTACTCCCTTCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTAGTGTAATGTCAAAAACGTTCTTATATTATGGGACGGTGGTAGTAGTTTGTTGGCA ACGCCATAAACAACCGCGTCCAAACCTGGACGTCATTAAGAACCACACCCATGTCTGGACGCTATTGCCAACAACATCCAGTTGTGTGGTTCGGTCACTGCTCTAATTAAACTGAATTGAGTCATTTTCAGTTGATATATGGAGTTGCATGAGCTGTAAAACCTACTCCCTTCGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTGACACTAGTGTAATGTCAAAAACGTTCTTATATTATGGGACGGTGGTAGTAGTTTGTTGGCAATCATTGCTCCGCCTTTGCCCTGCGGTAAGCAACGTCGGCCGATGTTACAAACCAAGCCACTACTCCATCAAACACATGGTTTTACTGCTCCCTCCGTGTTGATTCACTCAAGTATCAAGTCTGATTACAGGAGGGGAAACACTAGAGAGA 3 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-26 tae-MIR1120 6e-18 -57.2 .((((..((((.((((.((.((((((((((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))..)))). (-57.2)