mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTACT TACTCCCTGCGTCCCAAAATT TAGTAAATTTTTAATGTGTATTACTCCCTGCGTCCCAAAATTCTTGTCTTATATTTGTCTAGATACGGATGTATCTAATAATAAAATGTGACTTGATACATTCGTATTTAGACAAATCTACGACAAAAATTTTGGGACAGAGGGAGTACTTCATTATTAATAATTGGT CCGGCATGTACGATAATAGTAAATTTTTAATGTGTATTACTCCCTGCGTCCCAAAATTCTTGTCTTATATTTGTCTAGATACGGATGTATCTAATAATAAAATGTGACTTGATACATTCGTATTTAGACAAATCTACGACAAAAATTTTGGGACAGAGGGAGTACTTCATTATTAATAATTGGTCCACCTTGCAACCTTACAAAGTGTCTTGGGGCTCGTGTTGCAGCCGGCTACCAACGAAGAGCCCGCTTTTCTCCTCTTTCCTCTTTTCTCTCCTCCAACTAAACAAAAATATTTTATTTTATTCTTTATAGCCTGCTTATGTCATCTTATTGTATTTGCTCCGTACGTGAAAGATACATGCATGCATTCTGGTGTCATTAATCCCATTGATGATGTGTCGACGTGTATGTGCAAGGGGTCCACATGGCAAGCCATGCGGAACGTGATCATCTCCATCTACAANCGTCGAACCNGGGAACCCAACCCGGCAANCAACCNAAATNACCAGGGGGNAANTTTTTGCCCGGGAAAGNNN 4 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 6e-41 tae-MIR1122 1e-41 -66.3 .....((((.((((((.(...((((((((..(((((((((((.(((((.((.(((((((((((((((((((((((.....((.....)).....))))))))))))))))))))))).)).))))).)))))))))))..))))))))...)..)))))).))))... (-66.3)