mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCGCATCTAGAC CTAAATACGGATGTATCAAAT TTCTGAATGATACTTCCTTCGTCCCAAAATTCTTGTTTTAAATTTGTCTAAATACGGATGTATCAAATCACGTTTTAGTATTAGATACATCCGCATCTAGACGAATCTAAGATAAGAATTTTAGGACGTAGGGGTATAATAAGACC TTCATATTACAAACCTTGTAAAAACTGACCCATCACCTGTACATTTGCCTGACACACATACTTATCCCTCACAACTGTTATTCTGAATGATACTTCCTTCGTCCCAAAATTCTTGTTTTAAATTTGTCTAAATACGGATGTATCAAATCACGTTTTAGTATTAGATACATCCGCATCTAGACGAATCTAAGATAAGAATTTTAGGACGTAGGGGTATAATAAGACCAAGCTAACCCGCGCACATAAATAGCAACGTCACTCACTCCCTGATAGCAACAAGGCATGGAATTTCACTGTTGTGCCCGATGATGGTATATCGGAGTCAGTGGTGTCCGTGGTATCCCCCGCCGCCGCCGTAGGTAGGCGTGGGAGGGACGGGGTGGTAGTCTGGGTGGGGCTGCGGCTTGGGCTCCAGCTTGGGCACCGGGCCGTAGTCAGGGTGGGGCTGGGGCTTGGGCTCTGGCTTGGGTGGCACGGGCTTCTTGTGGTGGAAGTGCTCNATGATGTGCTTCTTGATTGGNCCGCATANGGNCNCNGATGCNCACTCTGGCNATGCCNCCGNGNNCACTNGNNNCCNNNCNNNANNNCNNNNGNGNNGNC 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 3e-36 tae-MIR1122 2e-30 -57.1 .(((.....(((((.(((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(((.((......))))).)))))))))).)).))))))))).))))))))))))))).))))).))))))))....))).. (-57.1)