mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGGACGGAGGGAGTA CTCCCTCCATCCCATAATATA AACAATGAACTTACATCGTGCTAAAATTATATACTCCCTCCATCCCATAATATAAGAGCGGTTTTTACAGCGGTTTTGACACTACAAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGCATACTGCTCAAAGTCTGTAACCAGTCAT TTTTTTTTTTAGCATTTTAACTGTAGGNCTATTTAAAAGTAACACCATTTTTGTACTGCTGTATTTTCAACTTCTCTCTACAAGCTGAACTGACATTGCTCCGTGGAAAAGAATGAGTTGATTTGCATCGCACAAAACATAACGCTCACAGGCAGGATGCAAACAATGAACTTACATCGTGCTAAAATTATATACTCCCTCCATCCCATAATATAAGAGCGGTTTTTACAGCGGTTTTGACACTACAAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGCATACTGCTCAAAGTCTGTAACCAGTCATTAAATAGGCATGCCCATTAAATGAGTTCCAACCATACCCTCCTTTCAACTCTCAGTGACTCTGCAGTCTAACAGACGGACACAACACGACGATTGCAAGTTTGCAACACCCTTTCCGTTAGCTAATGGCTTTCTGCGCCAAGAACATCCATTGTGGCAGCCAATTCACCTGCAAACTATTCTTAAGGCTTGATCCTTGCAGGATGACTGGTTTGAACCCCTGGGCTTCGGAAATCCTTGCATTTGGTACTCCAGGGAAGACATAGCTGCATTCTATTAAGTACATACACTTGCCTCCAGTTTGCACATTCCTTTTGTTTATACCTATGATGCGCCTCTGCATTATCCAGCCCTCAAATTCAATATTTCCTTGGCAGTCCTCTGACGAAAATAAGGCATGTGTTTCTGCCCAAAAGTAAGGCCCATATCTCTGCTGTGGAAGTCAATGTATTTGAGCATGAACATGCCACAATCCCATCCATTCTCCTGCAGAGGAAGGTTTTGGACTCCTTCATGCTTCCATGAAAGAACATCAATCTGTTTGC 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 0.000000000002 tae-MIR1120 0.0000000005 -51.9 .((.(((......))).))............((((((((((.((((((((((((((((((.(((((..((..((....)).))..))))).)))))))))))))))))).))))))))))(((.(((......))).))).......... (-51.9)