mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGGGACGGAGGGAGTA CTCCCTCTGTCCCATAATATA TGCAAAATACTACTCCCTCTGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTTATACTAGTGTAGTGTTAAAAACGTTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGAATACTTC GGCGAAATGAACATATAAAGGAGGGCGAAGTACCTTTAACCGAGCAAGGAATATGGTATATGGTTACATCAGAGGTCGGGGTCATGGACGGCACTAGTGCGAGACGGCTCGGTTTCCCAACTGATAGATCTGTTTTCAGGTCAGGCTACAGATCTATTCTTCTGATGGTTCTCTGGTCTCAGATGGAGGGTCGAGGGGGTGAAGCAATTTTGGAGAGGTGTAGAGGACATGTGGGGAGTGATCCGAGCAGTGCTAAACTTGATTCTTTGCAGATGCCAAAAGTTCAGTTTACCCAAATGCCAAAAGAGTAGTTCCTGCTTTGTAAATTCGGCTTGCGAATACTAGATGCAAAATACTACTCCCTCTGTCCCATAATATAAGAACGTTTTTTATACTAGTGTAGTGTTAAAAACGTTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGAATACTTCCTAGTTGGTGATTGGATTATATGTTTGGAGCAGTACTAAAGTGGTACTTTACAAATACTAGAATAGTCTTTCCTAGTTGTGAAACAAAAAAAAAA 0 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-31 tae-MIR1120 6e-18 -59.7 .........(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((...)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))........ (-59.7)