mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTCCTCCGTCCCATAATAT ATTATGGGACGGAGGGAGTAG GGGTCCCCACTGTTGCTTCACTATCAGTAGTACTTCCTCCGTCCCATAATATAAGAGCGTTTTTGACACTACACTAGTATAAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGCTTCTAGTGCAGCAGAAGACACTGGAAA TTGACCTTAGGCCTATTTAGGTGACACTATAGAACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATATCGTCGACCCACGCGTCCGGTTCTTTATACTTGTTCTTTACGGAGATTGCTATATTTGTGTTGCTGCTTTCTCCTTTGTCCTGCTGTAATCACAGCACAGACAAGTGGCTCTTGTATGAGGATTGACTTTCTACTATATCTGGTGTTGAGCATGAGGACTGACTGATTTTGCTGGGTCCCCACTGTTGCTTCACTATCAGTAGTACTTCCTCCGTCCCATAATATAAGAGCGTTTTTGACACTACACTAGTATAAAAAATGCTCTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAGCTTCTAGTGCAGCAGAAGACACTGGAAATTCAGTTTCCCCATTCTGCATCAGATTGTTGAAAGGGGTATTCTAACTGAAAAGGTGGACTGAGGTACAATTTCTATTATTGATGCAGAGAGGAGGCTCTTGGTAAATGTTCTACAAGTTGATGATAACCAGCATTTTGTTTTGCTCTCTGAGAGGAGAACATTGCCCATGCTCCTCACATATTATAAAGCTTTCCAACAAATTATTGTCTACCTTGTATGAGGATTGACTTTCTACTATATCTGGTGTTGAGCATGAGGACTGACTGATTTTGCTGGGTCCCACTGTTGCTTCACTATCAGTAGTAGCTTCTAGTGCAGCAGAGTACATCGGAAATTCAGTTTCCCCATTCTGCATGAGATTGTTGAAAGGGATATTCTAACTGAAAAGGTGGACTGAAGTAC 0 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 1e-29 tae-MIR1120 8e-18 -67.8 ......(((.(((((((.(((((..(((..((((((((((((((((((((((((((((((((((...((((...))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))).))))....))).)))... (-67.8)