mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACCTCCGTATCTAGAC CTAGATACGGATGTATCTAGA ATACGTACTCCCTCTGTTCCGAATTACTTGTCTTGAATTTGTCTAGATACGGATGTATCTAGACTTATTTTAGTGCTAGATACCTCCGTATCTAGACAAATCTAAGACAAGTAATTTGGAACGGAGGGAGTATCAC CTTGCAGCTCAGTTCCTTCACCACCACAAAATCCACACTCCACTGCTATCAAACTTCAAGCATCACAGAGTTCAGGCAGGCCATTCAGCGGCGTCATCTCCTCCAACGCGGCGAGAAGAACAGAGTTGCAGAGAGATCATGGCAGGTGCGGCGAAGGCGTCGTGGATGGTGGCGATGAGCGTGGGCGGCGTGGAGGCGCTCAAAGACCAGGCCGGGCTCTGCCGCTGGAACTACGCGCTCAGGTCCATCCACCGGGCAGCCAAGGCCAGGGCCAACGTTCGCGGTGGCGTCTTGCAGGGCGCAAAGCAGCTTCCGGCTTCGGCAGCGGTGGCGGAAAGGCGGCGAGGGGAGAAGGCCGAGGAAGGGCTGAGGACGGTGATGTACCTCAGCTGCTGGGGTCCCAATTAGTACTAGCTACAAAGAGGTGTTTTCTCCTAGCTCCAGGCTCCAGCCTCTGTTTAGCAACAACTTGGCTGGTTAATTCCCTGCCGATTGTAAATACGTACTCCCTCTGTTCCGAATTACTTGTCTTGAATTTGTCTAGATACGGATGTATCTAGACTTATTTTAGTGCTAGATACCTCCGTATCTAGACAAATCTAAGACAAGTAATTTGGAACGGAGGGAGTATCACGATGATGATGATGATGAAACCTTTCCCCACTTCGAGTTCACATTATCCTGCTTCAGAA 1 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-52 tae-MIR1122 5e-19 -84.7 ....(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((......))).)))))))).))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))... (-84.7)