mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGAGCTCATGGTCGAGTGTT TTCTTACCATTAGCTCTGAT ATCTGTACTAGATTCTTACCATTAGCTCTGATCCTAATTCACGATCGCGTTGCCTATGTTCGGCAGGCTGCGGTTCAGTCTATCGGATGGCTATTGCGAATGGTGCAAGGACCAGCTCCGGGTGCGTTCGACGAGCTCATGGTCGAGTGTTTAAATCTAT TTGAATCATCTGTACTAGATTCTTACCATTAGCTCTGATCCTAATTCACGATCGCGTTGCCTATGTTCGGCAGGCTGCGGTTCAGTCTATCGGATGGCTATTGCGAATGGTGCAAGGACCAGCTCCGGGTGCGTTCGACGAGCTCATGGTCGAGTGTTTAAATCTATCTACTGCTGAATCATGCCATGACAGACAACTGTTTCTGCTATTGTGTCAATCACTATTGTACACAATTCACGTGTCCGTTTTCCGACAGTATTTTCTGGCACCTTTTGTGGCTCTAGCTCAGGATCGTGTTATAAACGTTCGACGACTCTTATCTCGCATCATCTTCGATTTACCAGTTGATCATAAGATCCGTTCTGATCCTGATGTAACTCTGGCCATGAGATACTTACAGTCCGCTGAACAAACGTTTCAAGTATCTCTGCAGTTATCGCCGAGCGCCCGGCCGCCATTGGCGATTGCTGGTCTGGAGCCCACTAAAACTGCCACGGACGATGTTGATGTCGACGTAAGATCAGATAATGATGTCAAGGGATCTGGTGAATTCGTTCAGGATTCTGGCCCTTTCATCGTTAGTGTATAATTCATTGTTAATATCTAGTATAAACCTATCTAAGACATTGTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 1 3' arm Festuca_arundinacea mirnest 100 100 -44.4 ........(((((.((((((((.((((((((.......)))...(((((..(((...((((((.((((((.....)))))).)))))))))...))))).(((.(((.(((.....)))...)))..)))..))))).))))).))).)))))....... (-44.4)