mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGCAGGCCGACAGCTGGAA TCAGCTGAAAGCCTGAAATT ACCGGCAAATTTTCAGCTGAAAGCCTGAAATTGATGCATCGCACAAGGCATTTCACAACTGGACATGTTTCTGATCACACAAAAACACGTCTCTGAACTTCTGAAGTCTGAACAACTCAAAGCCTTTTACGGGAGTCCTATCTGGCTAAGCTTATCCAGTAACCTAACAATGATGATCCATTTGCAGGCCGACAGCTGGAAGCTGGGTTC GGCACGAGGAGTTCAACTCCGGCTTCGGGTTCGCCGAGAACGGCACCTCCAAGGTCAGTGTTAATTCTTCAGCAAAAACCAAAACTTAATTACTACCAACTGCTGTAGATGTTCTTCAATCGAGGCGGGGAAGGGTCGGTTGAACTGTTCAAGAACTTCTTACAGTACAATTTAAGCTACCATTGCCGTAGTAGAAGTAGTAGTACAAGTGTGGAACGCTGATCAGTAATCCTTGTGATCGATCTCAGAACAAATCATATCTCGCAAAAAATCTCAAAACAAGTAAATTTGATCTGCATGCCGGAAGGTTAATTCTTAATTCAAGAGTAACTTCAGGTTTATCGCATCATGTCGTGTAAGCTTTTATCACCGGCAAATTTTCAGCTGAAAGCCTGAAATTGATGCATCGCACAAGGCATTTCACAACTGGACATGTTTCTGATCACACAAAAACACGTCTCTGAACTTCTGAAGTCTGAACAACTCAAAGCCTTTTACGGGAGTCCTATCTGGCTAAGCTTATCCAGTAACCTAACAATGATGATCCATTTGCAGGCCGACAGCTGGAAGCTGGGTTCGCCGAACCGCCGTTCCTTGTCGT 3 1 3' arm Festuca_arundinacea mirnest 100 100 -48.7 .(((((....(((((((((...(((((((((.(((.(((((....(((.((((((.((..((((.(((((.((......)).))))).))))......)).)))))).(((.....))).((((......(((...)))....))))..(((.....)))..))).....)))))))).)))).)))))...)))))))))))))).... (-48.7)