mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGAAGAATCTGAAGCTGGAA CAGCAATCACATACTTATGGA GGAAGCTAACCCAGAAGAATCTGAAGCTGGAAGTTGAGCTACGCTCTTTCCACCTCTTAGGAAAGATGCCTTGCACTACGGTCTGATCAGGTACACTGCACTCTTTGAGGGAAGAGTTGACTGCCTAGGTGCGGGGCTAACGAAGGAGCTTGAACATCATAATGTTGAAAGCCTGCGCGTACCTTCCATGCCTGCTGATCCTGACACGCTGCTACAGGATCTAATCCATGCTATGACGGTGCATGACTATGAACTCAACGAGATGCCCCACCTGATGGTTCGCGTGCAGGCAGAGGAAAATGATCTTGTCTTTCTGGCTCAGGAAAATGAGAAGCTTATGGCTGACCTTGAGAAGAGAAGGACACCTAACTTCAGCAATCACATACTTATGGACTACCTCT AGCGAGGAGCCTCGTCGACACGTCCGCGACAAAGACCCAGGGGGTCGCGCCGCTGATTCCTTGGAGATTTAGACCAGCTGAGTCCCATTGGAGGTCTATAACTGGCAGGGAGGAACCGCATAGGTCGCCCGTACTATGAGGAACCACGAGGATTTCGTGATGGCCCTCCTCCTCGACTTGCGGAGAAAGGTCTATCTCACCACGACGCTTTGATGGAAAGCTTTCTAGCCGCCGTACTGAGATGCCCAAAATCCGCGATGACAACCAACATCTGGTGCATGAAATTGTGGGTCTCACGCAAGCAATGTCTCGATTGAAAGAAAATCTCCATTCCTCGCGCCACGGTATACCTAAGCTCCGTGCGTACAAAGAACTTGAATCGAGGAAGCTAACCCAGAAGAATCTGAAGCTGGAAGTTGAGCTACGCTCTTTCCACCTCTTAGGAAAGATGCCTTGCACTACGGTCTGATCAGGTACACTGCACTCTTTGAGGGAAGAGTTGACTGCCTAGGTGCGGGGCTAACGAAGGAGCTTGAACATCATAATGTTGAAAGCCTGCGCGTACCTTCCATGCCTGCTGATCCTGACACGCTGCTACAGGATCTAATCCATGCTATGACGGTGCATGACTATGAACTCAACGAGATGCCCCACCTGATGGTTCGCGTGCAGGCAGAGGAAAATGATCTTGTCTTTCTGGCTCAGGAAAATGAGAAGCTTATGGCTGACCTTGAGAAGAGAAGGACACCTAACTTCAGCAATCACATACTTATGGACTACCTCTGGCAAC 4 2 5' arm Festuca_arundinacea mirnest 100 100 -105.3 ..........(((.(((.((.(((.((((.((((((.((...))(((((((........)))))))(((((.((((..(((.((.(((((((.....((((((.(((((.....(((((...((((.......))))...((..((.((((.(((((....)))))..)))))).)).(((((.((...((.((..(((((((...........))))))).....)).))...)).))))).))))).....))))).))).)))...))))))))).))).)))))))))..(((......)))(((((((((..((((((.........((((...))))...))))))...)))))))))..))))))))))..))).)).))).)))......... (-105.3)