mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGTAATACTCCCTCCGTCC ACAGAGGGAGTATATAACTGGG TTTGGATTTAGTAATACTCCCTCCGTCCCACGAAAATTGTCTGAAATTTGTGTAAATTCGGATGTATCTAGACACTAAATAGCATCTAGATACATCCAAATTTGGACAAACCTCAGACAATTTCCATAGGACAGAGGGAGTATATAACTGGG GGCACGAGGCAGGTGGCGAAGGAGTTTGGGTCGTTCAGCGGGTACATCTGGGGCCACATGAACCACCGGCCGATGGTGGGCAAGTACAGGCACCACAAGTACATCCCGCTCCGCACGCCCAAATCGGAGGCCGTGAGCAAGGACCTCATCCGGCGGGGATTCCGGCTCGTCGGCCCCGTCATCGTCTACAACTTCATGCAGGCCTCCGGCATGGTCATCGACCACCTCGTCGGCTGCTTCCGGTTCTCCGAGTGTATCCGCCTCGCCGAGCGCTCCTGGGGAATCACCAACGTCGCCACGTAGCCCACTAGCCGAGCCCGACTATGCCAACCTCATGCTCGGCATCCCAATGTTTCCCTTACAAGTTTTCTTCTCCCCAGGATGCACAAGAGAGTTGCGTAGTACAACCTGTGTGTTATTTATACCTTTTTTTGGATTTAGTAATACTCCCTCCGTCCCACGAAAATTGTCTGAAATTTGTGTAAATTCGGATGTATCTAGACACTAAATAGCATCTAGATACATCCAAATTTGGACAAACCTCAGACAATTTCCATAGGACAGAGGGAGTATATAACTGGG 2 2 5' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR1122 0.0001 100 -60.7 .......(((((.((((((((((.((((.....(((((((((((..(((((.((((((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).)))))).)))))..))))))))))).....)))).))))))))))...))))). (-60.7)