mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGGAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTAGCATGACCGAGGAGCCGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGGCCTAGTTCATGT GGCACGAGGGTTCTTTCCTTCATCCTTTCCATCGCCTACAACATAGAAGTAGATTCCACCATTCCACAGCTTTGAAGTTGTATAATATTGTCATCCTGTTCTTCTCTTTTTTTCTTGCATAGGGCCTTCATGTATAAAGCATCTCCTGAGCTTGTTCAGAGTTTCATGGCGATAGACGCCAGATCTCGTATTTGATTCGCCATGTTCTTTGCTTGCCTTTTTGGTCTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGGAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTAGCATGACCGAGGAGCCGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGGCCTAGTTCATGTTATACTGTTTCCCCTCCGACGATTCTGAAATGGTTTTTCCTGCGTTTTCTTTCGTACGTTTCAGATCTGATGCTTTCGCAGACCTTCAAGCTTTGAGCTGTCTTGAATCTACTCGTTACGTCTCTTTACTGTCTA 3 0 3' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR159 7e-26 far-MIR159 3e-111 -83.5 .....(((...((((..((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((..((...((((((((((...(((.((((.(((((....((((...((((.((((............)))).))))...))))....))))).)))).)))...)))).)))))))).))))..)).))))).))).))))))))))).))..)))).....))).. (-83.5)