mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG CTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGGAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTAGCATGACCGAGGAGCCGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGGCCTAGTTCATGTTATACTGT GGCACGAGGGTTCTTTCCTTCATCCTTTCCATCGCCTACAACATAGAAGTAGATTCCACCATTCCACAGCTTTGAAGTTGTATAATATTGTCATCCTGTTCTTCTCTTTTTTTCTTGCATAGGGCCTTCATGTATAAAGCATCTCCTGAGCTTGTTCAGAGTTTCATGGCGATAGACGCCAGATCTCGTATTTGATTCGCCATGTTCTTTGCTTGCCTTTTTGGTCTCCCTGGTTTTTGTGTTTGGTTTTGAGGTGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAAGGTCTTGCTAGGAGGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTACCTCCGTTTGAAACCAGGGAGATAGGCCTGTGGCTAGCATGACCGAGGAGCCGCATCGTCCCCTCGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGGCCTAGTTCATGTTATACTGTTTCCCCTCCGACGATTCTGAAATGGTTTTTCCTGCGTTTTCTTTCGTACGTTTCAGATCTGATGCTTTCGCAGACCTTCAAGCTTTGAGCTGTCTTGAATCTACTCGTTACGTCTCTTTACTGTCTA 3 0 5' arm Festuca_arundinacea mirnest MIR159 7e-26 far-MIR159 3e-111 -86 ......(((...((((...((((..((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((..((...((((((((((...(((.((((.(((((....((((...((((.((((............)))).))))...))))....))))).)))).)))...)))).)))))))).))))..)).))))).))).))))))))))).))..)))).....))))....))).. (-86)