mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTGCAAGGTGCCAAGCATG GTGCCTGGCTCCCTGTATGCCA TCAAGGTTGTGCTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCCAACCCAAGAATGTGGTTGCCTGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGTGCCAAGCATGCATATATGTA GGCACGAGGCACACCCGTGCACAGTTCTTCACTTACTCCCCAAATTAACCTAGCTCTATCTTTCTCTCTCCGGTCGTCGTCGTAGTAGTAGTAGTAGCTACCTCCTTGTCTTTTCTTCATGTGTGTCTTGTGCATACCCATCAAGATCTAGCTTTGTTTCTCGCACTAGTCACTACTCACTAATACTCTCGACATACGTAGAGAGAGAGAGAGGGGCATGAATAATCCCTTTGGTTTCCTTGGCCTTTCTTTCTGAACTATTTGCCTATTTGGTGAACAAGAGAGAGGTTTGATGATCGATCTAATCAAGGTTGTGCTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCCAACCCAAGAATGTGGTTGCCTGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGTGCCAAGCATGCATATATGTATATGGTCTTTCATTCGGTTTTTTCTCATTTGGTTATTTGATGTGTTTTCATCCCATACATCCTTTTGATCAGTATTTCGATGTTCTTGCAGTTACAAGTCCGTGGAAAATGATTCAGGTCTTCTCCTCTCGCAGCTAACGATTAGCATGGTCCGATGAAACCA 3 1 3' arm Festuca_arundinacea mirnest mir-160 5e-25 bdi-MIR160c 1e-37 -43.4 .......(((((.((((.((((.((.((((((((((...((((((.(((((((....)).)))))...)))))).)))))))))).)).)))).)))))))))...... (-43.4)