mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTAGGACAGAGGGAGTATA TGCTCCCTCTGTCCCAAAATT CCAAATGCCTACTCTACAAAGCCATTATGCAAAAGGAACTTCGACGTTGATCATGCTCCCTCTGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAGATATGGATATACCTAACACTAAAACGTAACTAAATACATCCGTATTTAGACAAATCTAGGACAAGAATTTTAGGACAGAGGGAGTATATGCTAAGTGGGCACCAAATACTCTTTTAAGTTGTAACTGTTAAGTATGGA TTATCTCAAATATAAATACATAGGGGTTACATGACAACATGTGATACACAAATATCTAGCTAGGTATTCGATCCACTTATCCAAATGCCTACTCTACAAAGCCATTATGCAAAAGGAACTTCGACGTTGATCATGCTCCCTCTGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGATTTGTCTAGATATGGATATACCTAACACTAAAACGTAACTAAATACATCCGTATTTAGACAAATCTAGGACAAGAATTTTAGGACAGAGGGAGTATATGCTAAGTGGGCACCAAATACTCTTTTAAGTTGTAACTGTTAAGTATGGACAAAGATCTACCAAGGCATATAATTTTAGGAAGAATAGCCCCTCAACTATGCCCATGCATCGTATGGTTGTAACATGTGTAGCTGTACTCCCATCAGCATGCACTGAGAGGTCTTCTAGGAGTAGAGTATAAGGAAACGAACCCTCCCGCCTCTTGTTCAAAAACATCTTTACAGAAAAGACAATCAGATATATACTTGTGTCCGTCTGTATATGGTCAGCTTATTTCACTTGGTCACCTCTGAAACCTATTGCGTCAGAAATATCTTCACTGCTGCCTTCAGACAATTTCATTTCCTTCACTTCCTCAAGCTGCCTGAGGAGATCTAACCTCTCGGGGCCATATGTGGATGGGATCATGGAAGGCACATATCTCTGGATAAAAGCCAAAATAGCAGCATGCCCAACAGCAGTCCTTTTGTTCCAAGACTTCTACTGGTGTTCCTGAATGTGTAGTCTTGGAACAAAAGGAGTTATCCACATCTGCC 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 2e-35 tae-MIR1122 2e-26 -81.4 .....(((.((..............)).))).....(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.......................)).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).((((.....)))).....(((.((....))..)))(((....)))..... (-81.4)