mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCACTGTAAAGAAATATAA ATATTTCTTTATGGAGTGAGT TTACATATGTACTCCCACTGTAAAGAAATATAAAAGCGTTTATAGATTACTAAAGTAGTGATCTAAACGCTCTTATATTTCTTTATGGAGTGAGTACAAACTAC TATATAAATGGATGGCAATCGTGGGTTCCCACAGCAGATTTAAGTCTACAACTCAAAGCCCGTAATTGCCCATGCCAATTAATCCACTAGACACTCATCGTCTTCTCCTTACATATGTACTCCCACTGTAAAGAAATATAAAAGCGTTTATAGATTACTAAAGTAGTGATCTAAACGCTCTTATATTTCTTTATGGAGTGAGTACAAACTACAAGAGTATATTTACTCTAGAAAAAATGGCTAACTGCAGTATTTTATTGTTTTTCTCATATGAATAGTCCATTCCTGGCCGATCCAAGAGTGAGGCTCAGCATCGTAGCAACAAGACTCCTTTCGCTGTCTTGAACCTATATACATATATGGTTGGGGACTTTGTAGCCACGGAAAGCAACCAAATCACTTGGTCGGGTCACTCGATCGGTCTGCGTTGCTGCTGCTGCTCTCATCCGGGTTCTGTACATCGGTTCTACCGTCCTCTAACTGGGATGTTTCAGGTGGTGTGGTGACCTCATCGGAAGGAAGCTGTTCCTGAATCTTCTGTACTCCAGTGTACCGAGCAAGATCAACCCATTGCTGTGTTCCCAAGTATGAGTTGACTGTCCTTGCTACAAAGGACAAGAGACCAGCAAGAAGTGGCTGATTATACTGAGTTGCCAGGCTCTCTCCTAGTCGATGCTCCAATAAGCCAGCAATGATCTGATACCGCAAATTTGCTGATGTTCCAAGAAAGCAACTATA 3 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 7e-18 tae-MIR1121 4e-22 -41.1 .......(((((((...((((((((((((((((.((((((..((((((((((...)))))))))))))))).))))))))))))))))...)))))))...... (-41.1)