mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCGAAAAAA TTATCGGACGGAGGGAGTAAG TTTGTAATTTGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAACTTGTCCCTCAAATGGATGTATGTAGCACCAAGTTAGTGCTAGATACATCCATTCGAGGGACAAGCTTGGGACAAGTTTTATCGGACGGAGGGAGTAAGTAAGAAGT GGATCTCCGGCGAGCACGAGACGAGCTCCGATGGCGAGCGGAGGCGGATACGCCTGGGCCCTCGCGGCGGGCCTCAACGCCGCGCTCGCCGCCATCTCCGCCAAGTTCTTCGCTCCCATGTTGCTCAAATACGGCATGGTGATACTTTTCAACGTGACAATGTGGGGGTGCTACGTGAACAGCCTCAAAGCTTTGTCCTCCCTCCAGGCAACAGTCACCAACTTCGCTGCCAACTTCATCTCGTCGGGTCTTGCAGGGTATTTCCTGTTTCAGGAGCCTCTGCCTTCCAAGTGGTTTGCAGGTGCCAGTCTCATCATTCTTGGTGTGTTCATCCTCAGCAAATCAAGCATTGAGGAGAAAGTGAACTCTGATTGATTGGGAGTTGCTAGCAGTCTGATAGCTGGGACATAAATTTTGCGAGCTTATACCTCTATTTCCAGTGCATGTTTGCTCGTCCTGATACAATGTTAAACATCCGAAATTAATGTGTACATTTGGTCTCAGCTCATCCACTAACATGTACACTAGTATGGTTTGAGATACACGACCCAGTTTGTAATTTGTACTCCCTCCGTCCGAAAAAACTTGTCCCTCAAATGGATGTATGTAGCACCAAGTTAGTGCTAGATACATCCATTCGAGGGACAAGCTTGGGACAAGTTTTATCGGACGGAGGGAGTAAGTAAGAAGTGAGCACATGATCTAAGAGTTGCTTGCTTTCGTTTCACGGATAGGGCATTCAAACTGTTTTAGCATTATCAATGGATCTTTTTTGTTCTTTGCATTCTCCTGTGA 1 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-40 tae-MIR1133 1e-38 -70.8 ...........((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((((((.......)))))).))))))))))).)).((.....)).)))))))))))).)))))))))))))))).......... (-70.8)