mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACATACTCCCTCCGTCCGGA CGTACGGAGGGAGTACTAAAA CTTGCATAAATCACATACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCATTGAGATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTGTAGATACATCCATTTTCATTCATTTTGATGACAAGTATTTCCGTACGGAGGGAGTACTAAAAAAAGTACA TTTTTTTTTTGGCCCAAAATCCAAGACATTACAAAGCACATACATGCGACATTGCACTTCTTAACAAGTTGGATGTAAAGGAAAATAAAGTGTGGCTCGTGTTACAAGCCCCTTGCATAAATCACATACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTCATTGAGATGGATGTATCTAGATGTATTTTAGTTGTAGATACATCCATTTTCATTCATTTTGATGACAAGTATTTCCGTACGGAGGGAGTACTAAAAAAAGTACATCCGAATCTAAAATGTTAATATGTCTATTTATAAGGGCACAAAGACGATATGTTTTAGAATCGTCACAGATACAGTTCACGCCAGGGTTCTTGAATGCTCGCTGATTTCTCAACCCCTGTCTCAATGACAGTTTCTTTGGAGAACTCCAAGTTGATGTGCTTGGCTACGTGATCTCCCACGCACTGCAGCACCTCAAGGTCAGAGTCTGAAGAACTTTTGCCTTGGTGCTGCCCACCTGATGTGACAAGAAGAACTGTGGGTATCTTCAATACCCGCACTATTTCCAGCAAGCATTGTATTGGTTCACTACGTATTTGCAAAGATGGCCGAGGTTTAATAGTTCCGTCAACCAACAAGTGAGTAAACTCATTTGATGCCCCTATTTCAGCAGCATGAAGTGTAGTTAACTGCCCAGTTTTTGTTGCATTAACCATTCCATGGAAGCAGCC 5 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 5e-38 tae-MIR1128 9e-24 -64.3 ...............((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((......(((((((((.......)))))))))......))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).............. (-64.3)