mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAAGTA TTTTGGGACAAAGGGAGTAGT TAATTAATTAATACTCCCTCCGTCCCAAAGTAAGTGTCTCAACTTTATACTAACTTTACAAAGTTGTACTAACCTTGAGACACTTATTTTGGGACAAAGGGAGTAGTAACAAAAA TTTTTTTTTTAGAACAGTACCGCAGTTCTGTAATTAGGCAAAATGTCATATCTGGTACATCTCTAAGTAAACATATTTCTATAATTAATTAATACTCCCTCCGTCCCAAAGTAAGTGTCTCAACTTTATACTAACTTTACAAAGTTGTACTAACCTTGAGACACTTATTTTGGGACAAAGGGAGTAGTAACAAAAAAAATAAGTTACAGAGTTACAAATCATAGAGGACCTTGTATTCAACGGAGGAGCCGAGTTCAGTAAGTTGTGGGCATGAACTGATGGTGGTAGAAATTGAAGGCTGTGTGTATGTTCCTCTTAGAAGGCCAATTGCGATGCCCTTATATGCAGCTTCTGAGGGATGGAAACCATCCCATGATCCATACTTTTGTGGATCATCACACACCTTGTATTCTCCATATCCACATCTTGCAGTCATGGACACACCATAGGGTCCTCCTCCACCGCAGCATGCTGCTAAAGGGTGATCGATCCCAAATTGTTCCGGGGAACGGTAGATCTCCATAGCAGCTCCATAGTAATCGGCATAGATTATTGACACGCCAGGATGAAGCTTGCGCAACTTTTCCAACTCATCAATGAGAAGTCTGTTGTGGTACTTCGAGAATTCGTTCATCCACCGTAGGCAACCAGTCTCTGGCTCATAATCTTCCTTCTTGTCACTCTTGAATATCATCAGGTAGTTCGGAACGCACCCGATGGGGAGGTTACCAGGAACTACCAATGTTTTGGCTCCCAGACCAATCAACTCAGTGACTGTAGAA 2 0 5' arm Triticum_aestivum mirnest MIR1122 8e-24 far-MIR1122 0.000006 -46.5 .......(((.((((((((..(((((((((((((((((((((..((((((.(((((....)))))))).)))..)))))))))))))))))))))..)))))))).)))...... (-46.5)